崇明县水务局主要职能：
　　1. 贯彻执行国家和本市关于水务和海洋管理的法律、法规、规章和方针、政策；结合本县实际研究制定有关水务和海洋行政管理工作的意见和措施，并组织实施。
　　2. 根据本县国民经济和社会发展总体规划，研究制定并组织实施本县水务和海洋工作中长期发展规划和年度计划；参与本县国民经济和社会发展总体规划、城镇规划及重大建设项目中有关水务和海洋业务的论证工作。
　　3. 负责本县水资源（地表水、地下水）的统一管理和保护；制定水资源中长期供求计划、水量分配和调度计划，并监督实施；组织实施取水和排水许可制度及水资源费征收工作；负责计划用水和节约用水工作。
　　4. 负责本县水利、供水、排水的行业管理和监督；研究提出有关水务价格等经济调节意见。
　　5. 负责本县水文水资源监测和水文监测点的建设和管理；发布水文水资源信息。
　　6. 负责辖区内滩涂资源的使用、管理和监督。　　
　　7. 负责本县防汛防台抗旱工作的协调指导和督查。　　
　　8. 负责本县河道、湖泊、海塘、水闸、供水、排水的建设、整治和管理。　　
　　9. 负责全县农村水利工作，组织、协调本县农田水利基本建设；会同县有关部门组织实施水土保护工作。　　
　　10. 负责本县水务工程质量和安全的监督管理工作。　　
　　11. 负责辖区内海域使用的管理和监督，对辖区内海域使用申请进行审核和监督管理，按规定实施海域有偿使用制度；协同上级部门做好辖区内海域勘界、海洋基础数据管理。
　　12. 负责综合协调海洋事务。　　
　　13. 会同有关部门依法开展海洋环境的监督管理；按规定实施防治海洋工程项目和海洋倾废对海洋污染损害的环境保护工作；按规定实施海洋生态环境保护；负责海洋环境观测预报和海洋灾害预报警报。　　
　　14. 依法实施水行政执法；负责协调本县各类水事纠纷和水务、海洋突发事件。

　　崇明县水务局部门预算是包括崇明县水务局本部及下属10家预算单位的综合收支计划。
　　本部门中行政单位1家，分别是崇明县水务局，事业单位10家，分别是崇明县农村水利管理所、崇明县水政管理所、崇明县水文站、崇明县给排水管理所、上海市崇明县海塘管理所、崇明县长兴海塘管理所、崇明县横沙海塘管理所、崇明县海洋事务管理所、崇明县水务建设工程安全质量监督管理站、崇明县防汛指挥部办公室。
　　2016年，崇明县水务局部门预算支出总额为24900.77万元，其中：一般公共预算拨款支出预算14828.26万元。一般公共预算支出预算中，基本支出3219.27万元；项目支出11608.99万元。一般公共预算拨款支出主要内容如下：
　　1. “工资福利支出”科目2278.47万元，主要用于人员经费中工资、津贴补贴、社保缴费等支出
　　2. “商品和服务支出”科目706万元，主要用于日常公用经费支出
　　3. “对个人和家庭的补助”科目234.8万元，主要用于住房公积金、其他对个人和家庭补助等支出
　　4、项目支出11608.99万元，主要用于农林水利项目、国土海洋气象项目等支出