2020年11月起，上海崇明房屋建设管理有限公司与上海崇明建设投资发展有限公司、上海崇明土地发展有限公司三家原区属企业及上海崇明规划设计有限公司、上海崇明工程质量检测有限公司、上海崇明自来水有限公司、上棉三十五厂四家局管企业优化整合，全新组建上海崇明生态城建集团有限公司。完成整合重组后的集团公司总部共设10部门1分公司，实际运作的下属子公司共16家，其中，二级公司13家；三级公司3家。集团公司主要负责我区社会基础设施的投资、建设、经营、管理，土地整理及房地产开发、经营、管理（保障房、人才公寓及商品房），公用事业运行保障及规划建筑设计等工作。集团公司现有员工约1400多名，另有三十五厂托管人员约1800多名。公司资产规模雄厚，包括土地、房产、码头、停车场、护理院等，总值逾200亿。