上海崇明生态城镇投资建设有限公司原名上海崇明新城建设发展有限公司（简称新城公司），于2OO3年10月挂牌，由当时的崇明资产经营有限公司、崇明土地发展有限公司、崇明建设投资发展有限公司、城桥镇资产经营有限公司（已撤资）和亚通股份有限公司（已撤资）等5家企业出资1个亿组建。随着业务发展的需要，后又陆续增资，目前已达20亿元（3家公司目前的股份占比是：区资产经营公司19.65亿、占98.25%，区土发公司0.25亿、占1.25%，区建投公司0.1亿、占0.5%）。

2016年9月，时任市委书记的韩正同志在崇明调研时作出了崇明不搞新城的指示，在新的上海市总规（2016-2040）中，崇明和金山的新城都改为核心镇。为适应新形势新要求，2017年10月公司完成更名，全称为上海崇明生态城镇投资建设有限公司（简称生态城投公司）。

生态城投公司主要职责：按照市政府批准的总体规划，对核心镇规划区域实施开发建设。起草、拟定各种涉及核心镇规划、开发建设等方面的近、中、长期规划和年度计划；组织实施核心镇规划区域内投融资工作，前期基础设施和环境建设工作，并协助做好土地出让工作；承担并实施区政府确定的建设项目；积极吸纳和引导社会化投资企业参与开发建设，并做好协调与配合工作；协助职能部门开展开发建设期间安全生产、环境保护和社会治安等方面的管理工作。