上海市崇明区财政局设11个内设机构：

（一）办公室。负责处理、综合协调、督查督办局机关日常事务工作；负责起草、审核有关总结、报告、文件，以及局综合信息工作；负责文件收发、文书档案、机要、保密、信访、印信管理、财务、装备和固定资产等管理工作；负责局内办公自动化系统和财政网页管理工作；负责文电处理协调、接待、车辆安排、安全保卫、办公用品发放等后勤事务管理工作；负责局综合治理、维护稳定工作；负责有关法制、代表建议和政协提案的牵头处理和综合协调工作,负责财政信息公开工作；负责办理党组日常事务；负责组织人事管理工作；负责局机关和直属事业单位的机构设置、职能调整、人员编制管理；负责人员录用、调配、任免、考核、奖励、处分、出国、工资福利、专业技术职务、人事档案(信息)；承担本部门党建、党风廉政建设日常工作，落实全面从严治党主体责任；负责宣传、教育、培训、政务公开、普法、统战工作；负责精神文明建设和文明创建活动的实施以及妇女工作和计划生育工作；协助工会、共青团等开展相关工作；负责离退休干部职工管理工作；完成领导交办的其他工作。

（二）预算科。负责编制年度区本级预算草案和预算调整草案；汇总年度镇（乡）预算草案；拟定和下达部门预算批复；负责对财政的预算指标、预备费的管理,以及预算追加、调减的汇总、审核工作；负责各类资金、基金的收支管理；负责区级财政日常收支执行情况分析；提出增收节支和平衡财政收支的措施和建议,负责预算平衡工作；研究提出并拟订本区财政体制和预算管理制度；负责指导镇(乡)级财政预算工作；负责做好区与市、与各镇(乡、园区)财政体制结算工作；负责区各类扶持政策的结算审核和政策调研；牵头配合审计部门做好财政的审计工作；负责行政事业性收费项目及收费标准的管理；负责本局财政信息系统管理；拟定和执行政府性债务管理制度，加强地方政府性债务日常管理，防范和化解地方政府性债务风险；牵头财政信息公开工作；负责政府购买服务管理工作；牵头组织开展区级财政性项目的绩效目标评价、绩效前评审工作。

（三）国库科。贯彻执行政府总预算会计制度和地方国库管理制度及其实施细则；组织实施国库集中收付制度改革；负责财政性资金的拨付和会计核算管理；汇总批复本区部门决算；编制本区财政总决算；编制权责发生制政府综合财务报告；负责预算单位银行账户和财政专户等的管理；负责政府非税收入收缴管理；负责镇(乡)预算总会计的业务指导工作；负责车辆控购管理；贯彻执行政府采购的法律、法规和政策；负责审批法定政府采购方式变更和审核进口产品采购；负责受理政府采购投诉并处理；负责监督、检查政府采购活动。

（四）行政事业科。参与拟订本区行政事业单位有关财政政策、制度；审核对口联系单位的年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系单位预算绩效管理工作；负责对口联系单位的资产管理工作；研究提出对口联系单位经费开支标准、定额建议；拟定本区分类推进事业单位改革等财政配套政策。

（五）农业科。参与拟定支持本区农业发展的相关政策；负责牵头拟定农业财务管理，拟定相关财政资金管理办法；审核对口联系单位的年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系单位预算绩效管理工作；负责对口联系单位的资产管理工作；研究提出对口联系单位经费开支标准、定额建议；负责三峡移民资金的审核和拨付。

（六）社会保障科。参与拟订本区对口联系单位有关财政政策、制度；审核对口联系单位的年度预决算及预算调整，分析预算支出执行情况；负责对口联系单位预算绩效管理工作；负责对口联系单位的资产管理工作；研究提出对口联系单位经费开支标准、定额建议。

（七）经济建设科。负责受理国有企业公益性项目一般债券资金申请；负责国有企业一般债券项目资金的跟踪管理，按照额度审批流程办理拨款；负责专项债券申报前期相关准备工作；负责专项债券项目资金的跟踪管理，按照额度审批流程办理拨款；负责国有企业债券资金绩效管理工作；参与防范和化解政府隐性债务风险，参与制定政府性债券管理制度、办法。

（八）绩效管理科。负责拟订本区预算绩效管理相关政策、制度、办法等文件；研究制定本区绩效管理指标和标准体系；牵头制定年度预算绩效管理工作任务，指导区级预算部门、乡镇财政部门落实预算绩效管理相关工作；开展预算绩效管理考核；负责对绩效管理中介机构和专家参与绩效管理工作进行指导、管理和跟踪评价；配合市财政局做好预算绩效管理信息化应用。

（九）资产管理科。负责研究制订本区行政事业单位国有资产管理制度体系并组织实施和监督执行；负责研究建立和完善本区行政事业单位国有资产管理信息化数据应用体系并组织实施；负责牵头落实本区国有资产报告制度；负责行政事业单位国有资产统计报告工作；负责全区行政事业单位资产日常监督管理工作；负责推进本区行政事业单位资产管理与预算管理相结合工作；负责本区国有资本经营预算、决算、中期规划的编制。

（十）金融科。负责对我区金融工作的协调服务；按照规定对小额贷款公司、融资担保公司、典当行、融资租赁公司、商业保理公司等机构实施监管并做好相应的风险处置工作；组织指导协调开展非法金融活动专项排查、信息汇总、数据统计、情况通报和督办考评等工作；协调处理金融风险防范和化解工作，完善监测预警机制和信息共享机制，维护金融稳定与安全；协调金融机构加大对本区的支持；配合监管机构解决本区金融业发展中由区政府解决的矛盾和问题,优化金融生态,维护地方信用。

（十一）会计科。负责制定本区会计工作的办法和措施；负责贯彻落实国家统一的会计制度,督察各单位执行情况；负责贯彻执行会计核算制度及内部控制制度；指导本区行政、事业、企业单位和其他组织规范会计核算、办理会计事务；管理和指导全区会计电算化工作；管理全区会计人员的培训和制定会计人员继续教育计划；负责会计代理记账机构执业资格审批和事中事后监管,并落实好区级审改平台的相关事务性工作；负责小微企业财务咨询培训基地的咨询与培训工作的组织和管理；负责为初创期符合规定的小微企业提供免费代理记账服务；负责本区国有及国有控股、国有参股企业年报，及部分企业经济效益月报、中小企业月度报表等会计报表审核上报工作；负责本区储备粮政策性补贴的预算管理及执行。